Theo quy định của AFC, 6 đội tuyển này sẽ được chia làm 2 bảng đấu (mỗi bảng 3 đội), thi đấu vòng tròn 1 lượt tại địa điểm trung lập. Đội dẫn đầu mỗi bảng sẽ được trao vé tham dự VCK World Cup 2026. Đội xếp thứ 2 mỗi bảng sẽ tham dự trận play-off, xác định suất play-off liên lục địa.
Trước khi bốc thăm chia bảng vòng loại thứ 4, AFC sẽ chia 6 đội tuyển vào 3 nhóm hạt giống dựa trên vị trí trên BXH FIFA. Indonesia là đội tuyển có thứ hạng thấp nhất nên sẽ nằm ở nhóm 3 cùng Oman. Nhóm 1 là 2 đội tuyển có thứ hạng cao nhất (Qatar và Saudi Arabia). Trong khi đó, nhóm 2 sẽ có sự góp mặt của Iraq và UAE.
Do nằm ở nhóm 3 nên Indonesia sẽ đối mặt bảng đấu khó khăn ở vòng loại thứ 4 World Cup 2026 khu vực châu Á. Họ sẽ nằm cùng bảng với 1 trong 2 đối thủ khó nhằn là Saudi Arabia hoặc Qatar.
